서귀포시가 2004년도 전국 313개 공공기관의 부패발생 가능성이 높은 업무와 관련, 부패방지위원회가 민원인을 대상으로 청렴도 측정결과 전국 시단위 기초자치단체 가운데 8.86점을 받아 전국 2위를 차지했다.
시는 독립성과 전문성을 갖춘 시민참여의 부패통제 장치인 감사위원회설치 및 운영규정과 위법 부당한 행정처분으로부터 시민의 권익을 보호하기 위한 시민감사관운영 및 청구에 관한 규정, 부패소지가 되고 있는 행정제도에 대해 개선을 청구할 수 있는 부패유발제도청구에 관한 규정을 2003년 11월 제정해 운영하고 있다.
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