제주과학고등학교(교장 이원희) 2학년 재학생 40명 중 39명이 2009학년도 대입 2학기 수시모집에 합격했다.
제주과학고는 재학생들이 대학에 조기 진학할 수 있도록 조기졸업제도를 도입하고 있는데 매년 2학년 학생 대부분이 조기 진학을 하고 있다.

2학년 합격자(중복합격)를 보면 서울대 4명을 비롯해 KAIST 14명, 포항공대 12명, 연세대 13명, 고려대 3명, 한양대 5명, 이화여대 7명, 성균관대 15명, 아주대 3명, 인하대 8명, 부산대 1명, 일본 시즈오카대학 1명 등이다.

3학년 재학생(총 6명)도 수시 2학기에 전원 합격했다. 3학년 합격(중복합격) 현황을 보면 미국 스탠포드대 1명, 서울대 1명, KAIST 1명, 연세대 1명, 고려대 1명, 성균관대 1명, 한양대 1명, 인하대 2명 등이다.