보건복지부가 국회 보건복지위원회 장복심 의원(대통합민주신당)에게 제출한 국정감사 자료('2006년 지방의료원 운영평가 결과 분석 보고서)에 따르면 제주의료원은 지방공사의료원과 적십자병원 40개 공공의료기관 중 38위로 최하위권의 부끄러운 성적을 기록했다.
지방의료원 평가는 ▲'양질의 의료'(40점) '합리적 운영'(30점), ▲'공익적 보건의료서비스'(20점), ▲'민주적 참여'(10점)으로 구분됐다.
제주의료원은 A~E등급 가운데 전체 47.5점으로 최하위인 E등급 평가를 받았다.
제주의료원은 양질의 의료 분야에서만 24.7점으로 C등급을 받았을 뿐, 합리적 운영 11.3점, 공익적 보건의료서비스 8.8점, 민주적 참여 2.8점 등 3개 부분에서는 E등급이었다.
종합 평가결과 대구의료원이 78.5점 충족률 점수로 최고 점수를 받았으며, 다음으로 서울의료원 73.9점, 남원의료원 73.2점, 홍성의료원 72.9점 군산의료원 72.3점의 순이었다.
한편 서귀포의료원의 경우 종합점수 54.6점으로 전체 31위를 차지했다.
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