제주특별자치도 출범으로 옛 해양수산청을 비롯한 국가기관들이 제주도로 통합된 가운데, 이 때문에 일부 국가 사업들의 예산이 지방예산으로 부담한 것으로 나타나 제주도가 이들 기관을 흡수,통합한 것이 도리어 열악한 제주도 재정에 부담을 주고 있어 문제.
내년 제주도내 항만 중. 장기 건설및 개발 타당성 조사용역사업비로 지방비 7억원이 편성됐는데 이는 전액 제주도 예산으로 이뤄진 것으로 5일 드러났다.
이 용역사업은 국가항인 추자항 등을 대상으로 한 것인데, 국가기관인 제주해양수산청이 특별자치도 출범으로 제주도로 이관되면서 이 사업 역시 지방비 부담으로 전가된 것. 이전 제주해양수산청 직제 그대로였다면 당연히 국가부담(해양수산부)으로 이뤄질 사업인데, 제주도가 해양수산청의 반대에도 불구, 조급하게 통합한 것이 도리어 제주도엔 부담으로 작용한 꼴.