1. 제주마의 번식생리 및 복제

제주마의 번식(繁殖)은 세종7년(1425) 전국 목장 암말 100필 단위로 1군(群)으로 편성하여 군두 1명을 배치하고, 말 50필마다 군부 1명, 말 25필마다 목자 1명을 소속시켜 망아지 생산에 익숙한 자를 마감(馬監)으로 임명하여 군마다 80필(세종 16년에는 85필 이상으로 개정) 이상 망아지를 생산하면 상등, 60필이면 중등, 60필 이하이면 하등으로 구분하였으며, 30개월 이내에 상등 3번이상이면 승진 및 특혜를 주었으며 하등은 군두, 군부, 목자를 모두 논하여 파면시켰다. 그리고 말이 죽거나 잃어버리고, 손상되어 쓸 수 없게 되면 법률에 의하여 처리되었다. 이정도로 제주마의 번식은 마정(馬政)이 가장 중요한 일이었다고 한다. 그러나 이러한 규정은 말의 번식생리상 망아지생산율이 80% 이상인 농가들이 거의 없는 실정을 감안할 때 실현가능성이 불가능한 일이다.
마필생산의 장려를 위해 조정(朝廷)에서 제주마의 논공행상(論功行賞)을  실시한 것은 정조8년(1784) 2월21일 비변사등록에 제주목사 엄사만(嚴思晩)의 장계에 각목장의 말을 친히 점검하여 보니 대정현감 박재연은 마적수가 733필인데 번식으로 증가된 말이 133필이고 정의현감 이장익은 마적수가 1562필인데 증식된 말이 273필이므로 이 두 고을의 수령에게는 경국대전이나 사목(事目)에 의거하여 특별히 승서(陞敍)하여 격려하는 것이 어떻겠습니까. 하니 윤허하였다.

2. 제주마의 번식생리

말은 계절번식동물이며 임신기간이 335일로 다른 가축보다 길고 분만 후 대부분의 말은 1∼3주일 이내에 발정이 재귀(再歸)되어 자연교배하여 임신이 되는 것으로 알려져 있다. 그러므로 분만 후 씨수말과 같이 방목하거나 선택된 씨수말로 교배하도록 하는 실정이다. 
암말의 발정징후는 외음부가 충혈 종대 점액누출 , 기성(奇聲)을 지르고, 오줌을 자주누고, 식욕이 감퇴하고, 시정마(발정 온 암말을 찾아내는 수마)를 접근시키면 암말은 음순을 빈번히 개폐(Lightening 30-50회) 및 시정마는 발정 온 암말의 냄새를 맡아 윗입술을 오므리고 크게 입을 벌려  하늘을 우러러 본다(Flehmen).
제주마의 성성숙시기(puberty)는 기후풍토, 사양관리, 개체 등에 따라 차이가 있지만 대개 생후 15∼24개월령이고 수말은 23∼26개월령 이다.
말은 성성숙에 도달하면 난소(卵巢)에서 주기적으로 난포가 발육하여 배란이 이루어지고 난포호르몬(estrogen)이 분비되며 발정이 반복되고 수말은 고환이 발육하여 정자를 생산하며 웅성호르몬(andro gen)을 분비한다.  성 성숙기 기에는 생식기관이 완성되지 않아서 번식에 이용하면 발육이 저해되므로 실제 번식공용개시적기는 제주마는 3~4세(Thoroughbred종은 5~6세)로 제주도에서는 3월부터 7월 상순까지이며 그 중에도 5월이 번식왕성기로서 수태률이 가장 높은 것은 이 시기에 성선자극호르몬(GTH) 분비가 가장 왕성하기 때문이다.
씨수말과의 교배적기는 배란당일과 그 전일 및 전전일의 3일간이며 그 중 배란당일이 가장 수태일이 높으므로 22일 발정주기인 말은 발정이 시작된 날로부터 평균 4일째에 배란이 된다.
특히 임신한 암말은 자궁에 있는 자궁내막 배(endometrial cup)에서 임신 40일부터  PMSG(임신한 말에서 생산되어 혈청에 있는 생식선 자극호르몬 : 임마 혈청성 자극 호르몬)가 분비되어 60일경부터 최고치를 보이며 120일부터 점차적으로 감소하여 180일후에는 검출되지 않는다. 이는 수정란이 자궁에 착상할 때 태아로부터 형성되며 모체로부터 형성되지는 않는다. 이 호르몬의 생리적 작용은 FSH와 LH의 두가지이나 특히 FSH의 작용이 더 강하며 난소를 자극하여 많은 난포를 발육시키는데 이중 극소수는 배란되고 나머지는 부황체를 형성하여 황체호르몬(progost erone)의 분비를 보강시켜 임신유지를 도와준다. PMSG의 임상적 응용은 난소 위축성, 기능성 무발정, 성욕감퇴, 번식계절의 조정, 성주기동기화, 과배란촉진 등에 이용되고 있다. 외국에서는 방목중인 임신된 말중에 약 10%가 발정이 유발된다는 보고도 있다. 그러나 난소질병에 의한 말에 있어서 PMSG의 응용은 FSH, LH 감수성 저하로 인하여 난포 발육이 되지 않은 예가 있으므로 GnRH 사용을 권장하고 있다. 방목중인 제주마에 있어서 PMSG영향으로 임신된 말에서 20~40%가 임신 3~6개월에 발정이 오나 교배는 암말이 허용하지 않는다. 제주도에서 말을 기르는 사람은 마무리발정(임신발정)이라고 하여 임신된 말로 취급 한다.
   암말이 임신되면 발정이 정지되고 식욕이 증가되며, 임신 6-7개월부터 태동하고 9개월부터 배통이 증가하며 임신말기에는 임신부종이 일으키는 경우도 있다.
    그러나 임신을 보다 정확히 진단하는 방법으로 초음파진단방법, 직장검사법, 혈액검사법 및 뇨(尿)·분(糞) 검사법(progesterone, esterogon 농도 측정) 등이 있다.
   말의 임신기간은 평균 335.9 ±10일이며( 330-345일)이고 유산이 많이 발생하는데 그 원인은 쌍태임신, 기계적 타격, 부패된 사료 섭취, 공포의 정신작용(stress) 및 유산균 등에 의해 발생할 수 있다.

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